长三角地区是我国重要的经济增长极，其经济总量占全国的20％以上。目前，长三角地区已进入由投资驱动向创新驱动转型的发展阶段，加快地区间的科技创新合作既有条件又有必要。2003年，三地签订了《沪苏浙共同推进长三角创新体系建设协议书》，并建立了“长三角创新体系建设的联席会议”制度。这种通过建立工作机制推动三地的科技创新合作，取得了很好的成效。

目前三地科技创新合作主要存在以下三个问题：

1.在行政设置分割情况下，三地产业不互补，市场不统一，资源配置效率低，资源短缺与浪费并存，使得三地科技合作的进一步发展受到限制。

2.三地相关部门间合作机制欠缺，政府层面在科技合作方面的制度性安排不多，合作政策缺乏衔接，区域内技术转移和科技资源共享的长效机制薄弱。

3.区域内要素流动的市场环境和市场体系不完善，科技协调发展机制软弱。

建议从以下六个方面，推动当前和今后三地科技创新合作从行政区划向经济一体化转变：

1.建立省部级长三角科技创新协调机制

长三角地区初步建立了科技合作机制，也取得了一定成效。在新时期建设创新型区域的要求下，区域合作需要从国家更高层面来协调推动。

2.推动建立“国家科技创新综合试验示范区”

这是关系到长三角能否依靠创新率先发展的一个战略性措施。要结合长三角直面国际竞争的特点，以进一步改革开放和提高产业国际竞争力为主要目标，开展自主创新试点示范。

3.促进一些关键的自主创新政策措施的制定和落实

《国家中长期科技发展规划纲要》出台了一系列配套政策，建议将配套政策切实落实，如企业研发费用税前抵扣等。建议尽快出台降低“首台套”创新产品的市场准入门槛和鼓励消费者使用节能降耗新产品的政策，同时支持在长三角地区先行先试。

4.实现三地政务信息联通，形成区域性统一市场准入标准；建立三地一体化的行政、司法和行业自律相结合的知识产权管理和保护体系

建议三地政府按照“统一标准、合作建设、资源共享、推动应用”的思路，争取在全国率先建成区域性信用体系。目前，可以首先建设统一的政务信息共享发布平台，实现政务信息的联通与共享。探索建立区域性统一市场准入标准，使三地科技合作的框架能够更加清晰，合作机制更加深化。建立三地执法信息共享平台，联合进行重大整治专项活动；建立三地保护知识产权的协调机制，形成促进创新发展和保护地方品牌的发展环境。

5.联合申报重大攻关技术项目；推进技术创新链和产业链的融合

建议三地政府充分发挥区域内国家创新中心和科研中心的作用，在及时跟踪世界科技创新动态的过程中，精心组织、联合申报科技部重大攻关科技项目，并争取列入国家重点支持计划。

6.推动行业管理服务制度创新， 放大浦东外包服务基地功能；依靠金融服务创新，为科技创新和转化提供重要支撑

建议三地政府共同编制行业科技合作发展规划，加快构建三地行业技术转移网络，促进区域间专门技术转移交易和科技成果转化，大力发展具有竞争优势的特色产业，做大做强区域特色经济服务。以金融服务创新为切入点，从金融制度方面强化创新，加强金融业对科技创新的服务方式、服务手段的扶持，如创设产业投资基金，试行资产证券化，创新浮动利率债券等。